La RNICS relevait de la tutelle de la communauté rurale de Sindia jusqu’en 2008. Actuellement, elle est à cheval sur commune  de Sindia et la commune de Somone créées depuis les réformes territoriales de 2008 et 2014e. La réserve est appuyée dans son fonctionnement    par une équipe technique de la Direction  des Aires Marines Communautaires Protégées du Sénégal qui est sous la tutelle du Ministère l'Environnement et du Developpement Durable.

La reserve est essentiellement régie au niveau national par deux textes de loi, à savoir : le Code de la Chasse et de la Protection de la Faune et le Code Forestier. En plus de ces deux textes, le site dispose d’un règlement intérieur N°003706/MEPN du 09 mai 2001 signé par le Ministre de l’Environnement et de la Protection de la Nature. Comme signalé dans l’article 7 et 8 du Règlement intérieur, toutes les mesures réglementaires pertinentes aux plans technique et scientifique, cohérentes aux vues des politiques de stratégie nationale préconisées par les communes et approuvées par le Ministre de l’Environnement, auront une force de Loi et à cet effet, leur application s’inspirera des dispositions de la Loi N°86-04 du 24 janvier 1986 portant Code de la Chasse et de la Protection de la Nature.

Certaines dispositions des codes comme ceux de l’Environnement, de l’Eau et de la Pêche sont également applicables à la gestion de la RNICS.

Au plan international, le Sénégal a ratifié un certain nombre de conventions en rapport avec la gestion des aires protégées, à savoir :

· Convention d’Alger ou convention africaine sur la conservation de la nature et des ressources naturelles (Alger, 1968) ;

· Convention  de  Ramsar  relative  aux  zones  humides  d’importance  internationale particulièrement comme habitats d’oiseaux d’eau (Ramsar, 1971) ;

· Convention  de  Paris  relative  à  la  protection  du  patrimoine  mondial,  culturel  et naturel (Paris, 1972) ;

· Convention de Washington sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvages menacées d’extinction (CITES, Washington, 1973) ;

· Convention de Bonn (CMS) sur la conservation des espèces migratrices (Bonn, 1979),